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先日、PDB ファイルから読んだタンパク質座標データを元に、コンタクトマップを numpy でミリ秒オーダーで計算する方法を書きました。 PDB ファイルを読み込みコンタクトマップをミリ秒で計算する - luggage baggage コンタクトマップとは、3次元空間内に存…
タンパク質の構造解析をする際、各アミノ酸残基が近接しているかどうかを記述するコンタクトマップが役立つ場合があります。通例、コンタクトマップは各アミノ酸の Cα の三次元座標を用いて、互いの距離が一定以下（8Åとすることが多い）であれば近接してい…
